AptanaのJavaScriptデバッガでは、JavaScriptコードのトラブルシューティングを綿密に調査するための役立つツールを多数提供しています。 JavaScriptデバッガは、デバッグ作業が開発作業から分離されるように、独自のデバッグパースペクティブ（Aptanaのデバッグパースペクティブについてを参照してください）を使用しています。
デバッガを使用するには、Webブラウザにインストールする必要があります。（JavaScriptデバッガのインストールを参照してください。） 現時点では、デバッガはFirefoxで動作しますが、将来的には他のブラウザと互換性をもたせます。
デバッグのお手伝いをすることができる機能の一例は、次のとおりです：
- JavaScriptのスレッドを中断してデバッグ表示を使用します。
- JavaScriptのコードにブレークポイントを追加します。
- 関数のステップインまたはステップオーバーコードを移動します。
- 変数の値を調査または変更します。